Aura Elena Farfán es directora de FAMDEGUA, uno de los grupos de defensa de los derechos humanos más respetados de Guatemala. Este grupo ha tenido un papel importante en la iniciación de acciones judiciales contra los responsables de las masacres y otros abusos contra los derechos humanos cometidos durante la guerra civil de 36 años que asoló el país. También participa en las acciones destinadas a la exhumación de fosas comunes, en las que yacen miles de víctimas no identificadas de la política contrainsurgente aplicada por el ejército durante la guerra. Por último, FAMDEGUA es una de las organizaciones que presionan al gobierno de Guatemala para que esclarezca 182 casos de 'desapariciones' que figuran en el "Diario del escuadrón de la muerte" que se divulgó en 1999.

El 4 de septiembre de 2000, las oficinas que comparten este grupo y la nueva organización de derechos humanos HIJOS, integrada por hijos de "desaparecidos", fueron invadidas por sorpresa por hombres armados no identificados, que amenazaron al personal de ambas organizaciones y se llevaron archivos importantes y computadoras (ver AU 265/00, AMR 34/35/00 y seguimiento en AMR 34/014/2001). Como resultado del ataque y también como consecuencia de medidas urgentes solicitadas subsecuentemente por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos de la Organización de Estados Americanos, se dispuso que las oficinas de FAMDEGUA recibieran protección policial permanente para garantizar su seguridad. Sin embargo, el 4 de mayo de 2001, Aura Elena Farfán y el chofer de FAMDEGUA, Luis Aldana, fueron atacados cuando salían de la oficina de FAMDEGUA en Ciudad de Guatemala para ir a una reunión. Se les acercaron dos hombres armados, que se introdujeron por la fuerza en el automóvil, se apoderaron del volante y se alejaron conduciendo el automóvil. Los atacantes amenazaron a ambos de muerte en reiteradas oportunidades, diciéndoles que no debían gritar ni pedir auxilio. Los agresores también revisaron los documentos de identidad de los prisioneros y los interrogaron acerca del trabajo que realizaban en FAMDEGUA. Después de unos cuarenta minutos, los secuestradores liberaron a Aura Elena Farfán y Luis Aldana en otra zona de la ciudad y se alejaron conduciendo el automóvil de FAMDEGUA.

El secuestro del 4 de mayo de los dos miembros de FAMDEGUA, frente a las oficinas de la organización y a plena luz del día pone en duda la calidad de la protección que supuestamente debían recibir. Las ONG locales consideran que este reciente ataque contra los miembros de FAMDEGUA puede estar relacionado con el compromiso activo de la organización para llevar a juicio a los responsables de la masacre de cientos de indígenas de la etnia maya pertenecientes a la comunidad Dos Erres de El Petén en 1982, llevada a cabo por el ejército guatemalteco y sus subordinados civiles paramilitares, las patrullas civiles (para más información sobre la masacre de Dos Erres, ver por ejemplo, Servicio de Noticias Nr. 71, Guatemala: Crying out for Justice [Pidiendo justicia], AMR 34/012/2001)

Existen cargos penales pendientes en los tribunales de Guatemala contra 16 miembros de las fuerzas armadas involucrados en la masacre de Dos Erres, pero apelaciones carentes de fundamento y otras tácticas dilatorias han obstaculizado el avance de la causa, a pesar de los testimonios precisos de los testigos oculares y una cantidad considerable de pruebas de orden forense que corroboran la posición de la parte acusadora. Como consecuencia de los esfuerzos realizados por FAMDEGUA para llevar el caso de Dos Erres ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, el gobierno ha aceptado reconocer públicamente la responsabilidad que le cabe al Estado por la masacre, indemnizar a los sobrevivientes, construir un monumento en el lugar de la masacre y llevar a cabo esfuerzos educativos para informar al público en general sobre lo que sucedió en Dos Erres. Ha pasado más de un año desde que el gobierno hizo estas promesas, pero hasta la fecha prácticamente ninguna de estas acciones se ha llevado a cabo (veáse Servicio de Noticias Nr. 217, Guatemala: La sombra de la Masacre de Dos Erres cae sobre el nuevo Ministro de Gobernación, Index de AI AMR 34/045/2000).